PSOでは、単純に冒険エリアへ侵入してモンスターを倒し、最下層で待ち受けるボスを倒す、通称「素潜り」が可能であった。
これはPSOのストーリーが冒険の舞台「ラグオルの調査任務を請け負ったハンターズ（プレイヤー）が主人公」であり、「仕事をすでに請け負っている」状態であるとも言えるため可能であったが、一方のPSUでは「ミッション」を請け負ってから冒険マップへ進入し、指示された目的をこなすことでミッションクリアとなる。そのため、最下層に居るボスを倒すことだけが必ずしもミッションクリアの条件とはならない。
ネットワークモードのミッションは難易度制になっており、同一ミッションでも「C～S2」の5段階難易度が提供されている。これは前作の「ノーマル、ハード、ベリーハード、アルティメット」モードに相当するが、S2難易度に相当するものは存在しなかったさらに上位のゲームモードである。当然ながら、難易度によって敵の強さや手に入るアイテムが異なる。
ミッションをクリアすると中継地点へと移動し、この部分は通常の街のようにMMORPG形式になっている（ただし街よりも規模は小さく、利用できる施設は限られている）。この中継点から外に出るとさらに別のミッションを請け負うことができ、次の中継点を目指すことになる。ミッションの種類によっては「ボス」を倒すことが攻略の条件になっている場合もある。これは基本的にイベントシーンが含まれているか否かの違いだけで、オンラインとオフラインモードでその基本形式そのものに違いはない。ちなみにオンラインモードで他のプレイヤーがすでに請け負っているミッションに乱入すると自動的に「パーティー」が組まれる仕組みになっている。
一度のミッションに同時に参加できるプレイヤーの人数はPSOの4人から6人に増員された。これはPSOが初めてリリースされたドリームキャストのハードウェア性能では不可能な数であるという。より多くのプレイヤーが同時にミッションに参加することでエネミーの攻撃対象を分散させ、また集中攻撃などによる殲滅能率が上がるため、推奨レベル以下でも攻略することができるようになる。ただし人数が多いと必然的に敵から得るアイテムを多人数で分けるため、稼ぎが少なくなる欠点もあり、またプレイヤーが多すぎることでかえって猥雑感があったり、プレイステーション2版、低スペックコンピュータで遊んでいる人には処理が重すぎてゲームにならない場合もあるなど、逆に少人数でミッションに挑戦するプレイヤーも少なくない。
一般でいうMMORPGでは「パーティー」はレベル差によるキャラクターの性能差が大きすぎるなどして引っ込みがちになり他のプレイヤーに話しかけづらいなど、非常に「組みにくい」が、PSUでは進入できるマップにレベル制限があり、他のプレイヤーのLvなどもパーティー参加前に簡単に確認もできるため 近いレベルのプレイヤーを探すのには苦労しない。また若干レベルに差があってもレベルの高いプレイヤーが低いプレイヤーをサポートすればよいだけの話であり、その差もプレイヤーの腕前次第である程度埋められる。
ミッションクリア
ミッションをクリアーするとミッション中のプレイヤーの行動によって「S」「A」「B」「C」の4段評価がされる。
上位のランクを得るほどミッションポイントやメセタ、アイテム等を獲得でき、採点基準はミッションごとに異なるが、「敵の殲滅率」「パーティー全体の戦闘不能回数」「クリアタイム」「パーティーの参加時間（最初から参加していたか）」「指定された条件の達成率」などによって決められる。ランクによってはミッションポイントやメセタすら支払われないことがある。
ボス戦の強化
PSOではプレイヤーのレベルが上がりすぎると「ボスがサンドバッグ状態になる」という現象が発生し（ラストステージのひとつ手前のステージのボス、「ボルオプト」が特に顕著な例とされる）ある意味ゲームバランスが崩壊していたが、PSUでは適正難易度の大ボスをソロ（一人）プレイで倒すのは困難になった。もちろん不可能ではないが、相当のレベルと腕前を要求される。
ボスには弱点があり、主観視点モードにして銃で攻撃するなどすると通常よりも大きなダメージを与えることができる。しかしボスには複数の命中判定ポイントがあるため、範囲攻撃が可能な近接武器を用いれば、それよりも大きなダメージを与えられる、ただし接近戦は大きなリスクを伴う。
エネミー（敵）行動パターンの変化
PSUの雑魚敵はPSOの物とは違い、多種多様な行動パターンを持つようになった。
前作ではエネミーの多くの敵がプレイヤーに対して直線的に接近し攻撃を仕掛けるパターンが多かったが、本作では敵エネミーの中でもサイドステップ、バックステップ、ガード、プレス攻撃、必殺技などを仕掛けてきたり、テクニック（魔法）攻撃を仕掛けてくるエネミーの数もより多く増えた。
また、これらの攻撃や行動はプレイヤーから攻撃を仕掛けることで中断させることもできる。行動のキャンセルを狙い、安全地帯へと避難して再び攻撃を仕掛けるヒットアンドアウェイで戦えば回復アイテムやフォトンポイントの節約になり、同時に死亡率を軽減できる。また、PSOではエネミーの座標位置はクライアント（ユーザー側）依存の部分が大きかったが、PSUではほぼ完全にサーバ依存になった。このためオンラインモードでは敵の座標や攻撃判定に回線の接続延滞が原因による誤差が生じてダメージを受けることもある。
NPCとの冒険
PSUのネットワークモードでは条件を満たすとNPCのパートナーカード（※後述）が得られ、呼び出すことでストーリーモードの重要人物とネットワークモードでもパーティーを組むことができるようになる。呼び出されたキャラクタはコンピューター制御であり、行動を指定することはできず、パーティー人数のスロットを一キャラクタにつき一つ使うことになる。NPCキャラクタは同一人物でなければ同時に二人まで呼び出すことができ、基本的に呼び出したプレイヤーのレベルよりも常に少し高いレベルを持つ。オフラインモードでは自分を除いて3人の仲間を呼び出せる。
ナノブラスト
「ビースト」の種族はある一定のレベルに達し、条件を満たすと「ナノブラスト」をして獣人化することができる。変身中はステータスが向上したり特殊能力を得ることができる。効果時間は30秒もしくは50秒（ナノブラストの種類により異なる）。ストーリー設定上、街中でのナノブラストは禁止されている。
SUVウェポン・システム
「キャスト」の種族はある一定のレベルに達し、条件を満たすと惑星の軌道上にある衛星から巨大な兵器「SUVウェポン」（サブウェポン）を召喚し、一時的に装備して戦うことができる。これらはプレイヤーの攻撃力に依存し、劇的な壊滅能力と特殊効果を持つものもある。まるで戦隊ヒーローの合体ロボを彷彿とさせる機能である。効能はPSOでいう「フォトンブラスト」のようなもので、SUVウェポンの種類により攻撃範囲などは可変する。
マイルームの追加
PSUでは自分専用の部屋「マイルーム」が追加された。
自宅を持つというコンセプトはウルティマオンラインから存在するが、それが導入されているソフトはまだ少ない。理由としては管理が大変なのと、プログラムが難しくなること。PSUもサービス開始当初にマイルームにまつわる接続不良が異常なほど頻発した。特に問題と思われるのは「家」を建築する方法とプレイヤーに「家」を建築する場所を提供する方法だろう。本作の場合は はじめからキャラクタごとにアパートやマンションの一室のような形で付与されている。
マイルームはチケットを購入すると「模様替え」して部屋のイメージを変更することができる。また、ルームアイテムと呼ばれるコレクション用のアイテム手に入れると部屋にある飾り付け用のポイントに設置することが可能である。イルミナスの野望専用ルームでは設置の自由度があがっている。
部屋の奥には「ベッド」、「ビジフォン（ゲーム内情報等を閲覧できる立体表示端末）」、同一アカウント内のキャラクター同士でアイテム交換できる「共有倉庫」、「パートナーマシナリー」（※後述）が設置されている。パートナーマシナリーは「キャラクター個人用の倉庫」と「アイテム合成」、「プレイヤーと同時に冒険する仲間」といった要素を持ち合わせている。
他のプレイヤーを自分の部屋に招き入れるには あらかじめパートナーカードを交換してビジフォンから行きたいプレイヤーのルームを選択する方法が一般的である。他にショップを開いているルームを検索して見知らぬプレイヤーの部屋にお邪魔することも可能である。逆に出入り口の脇にあるタッチパネルを操作することによって他のプレイヤーの出入りを禁止することもできる。
パートナーマシナリーによる生産と販売
PSOはエネミー（モンスター）を倒すことで現品がアイテムとしてドロップしたが、PSUではアイテムを作るのに必要な基板や素材がドロップすることが多い。この基板や素材は店で買うことができるものがほとんどだが、ドロップでしか手に入らないレアな物も存在する。
アイテムの合成はベースになる「基板」と「素材」を自分専用の部屋「マイルーム」にいる「パートナーマシナリー」（通称パシリと呼ばれている）に渡すことで行える。合成の成功確率は完成品の持つ基本的な成功確率とパートナーマシナリーの能力によって左右される。基本的に武器や防具は店で買うか、モンスターからのドロップを期待するが、モンスターが武器を完成品の状態で落とす確率は低く、また店売りの製品は可変値（属性性能）が無かったりなど、良い装備を得るには必然的に合成を頼らざるをえない。なお、武器などの装備品は完成するまでに要する時間はアイテムによって異なり、全く時間のかからないものから4時間以上要するものまである。レアリティの高いアイテムほど時間がかかる傾向がある。なお、ログアウトしていても合成作業は行われている。 こうして生産して作られた装備品はマイルームをカスタマイズして「ショップ化」すれば他のプレイヤーにむけて販売することができる。パートナーマシナリーはエサ（回復アイテムや武器、防具など）を与えると進化し、進化によって生産成功率が上昇する。また、人間型（プレイヤーキャラより明らかに小さい人形）にまで進化させればプレイヤーと共に冒険をすることも可能になる。
他のプレイヤーとのコミュニケーション
前作PSOは柄やアイコンを組み合わせて表情や絵を作りそれを表示させる「シンボルチャット」やゲーム中に演出として使われているモーションなどを流用した「ロビーアクション」、ギルドカード（名刺）交換をして互いにゲーム内メールをやりとりする「シンプルメール」、そして最も画期的だったのが他国のプレイヤーにも意思を伝えることのできる「ワードセレクト」といった多彩なコミュニケーション方法が導入されていた。
特に「ワードセレクト」はネットワークゲーム史上類を見ない機能である。一方のPSUではワードセレクト、シンボルチャットは機能から削除され新たに「カットイン」と「フキダシ形状変化」「ブラックリスト」が導入された。
フキダシ
フキダシ形状変化は自分の発した文字列と他人が発したおなじ文字列のフキダシとが合体しフキダシと文字が巨大に変化する。
イベント時など非常に他のプレイヤーとの連帯感を持ちやすい。また、特定のキーと組み合わせて発言するとフキダシが針状になって「バーン」と効果音が鳴ったり、雲状になって「ふわふわ」と音が鳴ったりする。これで感情表現（！・？）だけでは表現しきれなかった「ハイテンション」であったりだとか、「困惑している」などの感情表現方法がより豊かになった。遠くにいるプレイヤーのフキダシは小さく表示される。
また、文字とフキダシの形が同じになった場合に、フキダシ同士が重なって発言した文字が大きく表示される。
カットインシステム
「カットイン」はメッセージと同時にプレイヤーキャラクターの顔と表情を画面上に表示させる機能である。これとフキダシの形状とを組み合わせることで一般的なチャットスペースや他のネットワークゲームでは表現しづらい「人間の感情」を出すことができることとなった。これは「単なるチャットツール」として見ただけでも極めて画期的なことと言えるだろう。
チャットコマンド
上記フキダシやロビーアクション、カットインなどはチャット入力ボックスからコマンドを入力して呼び出すこともできる。
また、チャットコマンドを使うことでキャラクターボイスを出したり効果音を出したり文字列の色を変更するなども可能になった。さらに擬似的にダイスを転がしたりトランプを引いたりできるなど、他のゲームソフトではあまり見られない様々な機能が追加されている。
コレオ おいで リトリート 宵待草 バック レポーター デトネー ペラル なよろ ラファエロ タムシバ レーション かぜのよ フリンダ トーイン シナリオ セミコン ブザム サイド ノータ ノール フラット パワフ フリゲート ソナチネ ますか かでん ローデ あかだい ハーレム エーション バレリーナ ネオン テレビ クロミッ キウイ ワラチ 水色の 遠き旅路 グラス フロート ハバロ もろあう マアア キャパ ホマホ スコア バンビダ ワジナビ セゾン
パートナーカード
PSOでは「ギルドカード」と呼ばれていた機能。通称「パトカ」と呼ばれている。
前作ではカードの持ち主がログインしているかどうか確認するために一枚ごとに検索しなくてはならなかったが、本作では自動でイン/アウトの状態が更新されるようになった。持ち主へのシンプルメールの送信や、現在居るユニバース、参加しているパーティー名などを参照し、直接パーティーに誘うこともできる。私的な問題で通信をしたくない場合はここからブラックリストに登録することも可能。
また、条件を満たすとストーリーモードに出てきたNPCやパートナーマシナリーのパートナーカードを得られ、そこからNPCをパーティーとして登録して一緒に冒険することもできる。
シンプルメールの機能拡張
PSOで人気だったシンプルメールの機能が拡張され、同時に同じ内容の文章を複数のプレイヤーに送信できるようになった。
また、オフラインのプレイヤーにもメールを送信できるようになりモバイル版PSU公式サイトに接続すればPSUがプレイできる環境に無くともiモードなどの携帯端末からメール内容を確認できるようになった。ただしこの機能を使うには月額315円の使用料が別途加算される。
ブラックリスト
PSUではドリームキャスト版PSOの頃から待望されていたブラックリスト機能が追加された。
この機能は他のゲームソフトでもよくある登録されると登録者へ対するパーティーの結成、パートナーカードの送信、チャット発言、シンプルメールなどのあらゆる通信が遮断されるという物である。相手のPSU以外で使っている通信手段（メッセンジャーや電話、メール、直接会う等）を用いない限り、登録したプレイヤーと登録されたプレイヤーは直接コミュニケーションをとることができなくなった。ブラックリストの登録に関して基本的に運営チームは関与しない事としている。なお、第3者を介せばコミュニケーションをとることは一応可能である。
ただし、ブラックリストに登録された相手が自分のパートナーカードを持っている場合には自分のオンライン/オフライン状態のみ確認することができてしまうので注意が必要である。